Hasadı gerçekleştirilen narenciye ürünleri, kalite kaybını önlemek amacıyla hızla depolama alanına taşınmalı ve ön soğutma işlemine tabi tutulmalıdır. Her narenciye türünün muhafaza koşulları farklılık gösterdiğinden, ürünlere uygun sıcaklık ve nem değerlerinin belirlenmesi önemlidir. Depolama sırasında bağıl nemin %85–%90 arasında tutulması, turunçgillerin tazeliğinin korunmasına katkı sağlar.

Dünya genelinde ticareti yaygın olan bazı narenciye türlerinin depolama süreleri ve koşulları şu şekildedir: Mandalina 3–4°C’de 3–4 ay, portakal 4–6°C’de 5–6 ay, greyfurt 8–10°C’de 5–7 ay ve limon 10–12°C’de 7–9 ay arasında, normal atmosfer koşullarında muhafaza edilebilir.

Atmosfer kontrollü depolama sistemleri, armut ve elma gibi meyvelerde sağladığı etkileyici sonuçları turunçgillerde aynı ölçüde göstermese de, her narenciye türü için ortalama bir ay kadar ek muhafaza süresi sunmaktadır.